DNA亲子鉴定通常可以分为3种：
1、常染色体DNA鉴定，这是最常规的DNA鉴定，通常我们所说的亲子鉴定就是指这种常染色体DNA鉴定。
2、Y染色体DNA鉴定，Y染色体从爷爷遗传给父亲、叔叔，又从父亲或者叔叔遗传给儿子或者侄子，所以一个家族的男性万网具有相同的Y染色体，所以通过Y染色体的鉴定可以判断这个孩子是否属于这个家族。通常，Y染色体DNA鉴定被用于哥哥和弟弟、爷爷和孙子、叔叔和侄子这样的情况的鉴定。
3、线粒体DNA鉴定，线粒体DNA通常由外婆遗传给母亲，又从母亲遗传给儿子和女儿，所以用线粒体DNA鉴定，可以鉴定出两个人是否是同一个母亲所生。通常情况下，线粒体DNA鉴定被用来确认是否是亲生姐妹、姐弟。
常染色体DNA的遗传，遵循的是孟德尔遗传定律，父母各自把自己一半的DNA遗传给孩子。对于父母与孩子这种直系亲属的鉴定，目前国际上通用的是常染色体DNA鉴定，通过常染色体DNA的鉴定，准确率可达99.99%，可以达到直接认定的作用。但由于常染色体DNA的结构和数量等特点，对于各种陈旧的血痕、骨骼或牙齿，或者一些高度腐败的肌肉或组织，检测结果通常是不理想的。
对于这些用常染色体DNA鉴定无法获得好的结果的检材样品，就可以选择线粒体DNA作为检测标记。线粒体和常染色体DNA在结果和数量上的不同，使得线粒体DNA不易断裂和降解，而且由于线粒体DNA的数量较多，就是对于高度降解的检材也易于取得。因此对于年代非常久远的骨骼，甚至是上千年古尸的骨骼，都可以采用线粒体进行家族、家系的鉴定。
由于线粒体DNA具有母系遗传的特性，可以鉴定来自于同一母系的人群。通过对世界上不同民族的线粒体DNA进行检测，科学家们推测人类起源于非洲，都是来自于同一个非洲母亲。 | 
